得知博士学籍也被注销后，杨涛起诉了南开大学，可一审、二审都败诉了。法院未对案件本身进行审理，只是说他超过了诉讼时效，并以此驳回案件。今年5月，杨涛向天津市高级人民法院（简称天津高院）申请再审，法院受理后，至今还未正式立案。7月23日，法官告诉杨涛的母亲徐玲：“我们还在研究。”徐玲称，法院人士私下认为，南开大学在处理杨涛退学的程序上“确实有问题”。2013年本科毕业后，杨涛又考上了南开大学泰达学院的“凝聚态物理”硕士研究生，导师是一位姓曹的教授。这个专业就业面较窄，一般情况下，除了教学就是去科研单位。杨涛刚上硕士研究生时，就打算毕业后去国外读个博士，所以学习非常刻苦。“研一下学期，曹教授提出让我上南开大学的硕博连读，他仍是我的导师。”不过，因是硕博连读，杨涛只能在博士毕业后拿到博士学位证书，其间无法取得硕士学位。在读博第一年，杨涛还算顺利，他大多时间待在“光催化实验组”做实验。导师也比较相信他，不仅把工作邮箱密码给了他，还让他管理过实验室钥匙。杨涛有个同校的延期博士师兄名叫兰晓龙，此后发生的很多事情，都围绕着他俩。据杨涛介绍，兰晓龙因不会计算论文中的有些数据，去找导师帮忙。导师本来把这个任务安排给同组的于某某，但于推给了杨。他说自己无论如何也无法将兰晓龙的实验和数据对上，“他让我凑数据，我拒绝后，我们开始结仇。”杨涛说。2016年9月，两人又因琐事发生矛盾，彼此还动了手。杨涛说，兰用擀面杖打了他的头。兰晓龙称：“是他攻击我，被我夺抢过来了，完全是自卫，后面他还用了铁椅子。”总之，关于这次打架，两人各有说法。但这场争斗并无留下视频证据，警方也没介入，所以到底谁在说谎，目前很难断定。到了2017年春节，杨涛没回家过年，刚过完正月十五（阳历2月11日），他突然从天津返回长春对父母说，导师让他到吉林大学进行联合培养，博士答辩时再回去。至于导师为何让杨涛去联合培养，曹教授未回应采访。兰晓龙的说法是：“他在学校表现很差，害怕干出格的事，才给弄到吉林大学。”联培期间，杨涛还以第一作者身份，在“《第十九届全国光散射学术会议摘要集》2017年”中发表学术论文。该论文其他作者，既有他在南开大学的导师曹教授，也有吉林大学的联培导师。论文作者的署名单位是“吉林大学超分子结构与材料国家重点实验室、南开大学物理学院”。2017年7月下旬，杨涛意外发现了一封《影像科学与光化学》杂志社的退稿邮件，该杂志由中国科学院主管，属于“化学类核心期刊”。
退回的稿件名为《不同长宽比的金纳米棒的非线性光与性质研究》，该论文共6名作者，第一作者是兰晓龙，最后一位是曹教授。从退稿信息来看，杂志社在2017年6月13日收到稿子，6月23日编辑部初审时，发现该论文“思路比较清晰，但是缺乏重要参考文献，关键部分讨论逻辑性有欠缺，希望作者好好修改。”后外审专家审完论文后提出，稿件中所有试验结果，已经发表在一篇名为《金纳米柱的可控制备及其光学非线性性质》论文中。外审专家表示，后来那篇论文的所有试验结果，已经发表在前述论文的文献中：“该稿件选用了其中的3个样品，所有数据和图表基本相同。”对此，《影像科学与光化学》编委会复审后，建议杂志社退回稿件。退稿信息，恰巧被杨涛知晓。杨与兰本就有矛盾，他看到这一信息后，马上将其发到网上。杨涛说，他本只想让同学们知道兰晓龙“学术造假”，却忽略了导师的姓名也在论文里。他不知道这个举动，会给自己带来什么麻烦。对于“学术造假”一说，兰的解释是杨涛在造谣：“是我们写作时没认真审查导致的，我们早就主动给学院做了汇报，学校也有调查结果，况且并没发表”。为此，兰晓龙和曹教授都有过自省。2017年9月，是杨涛在吉林大学的第7个多月。彼时，他在吉林大学的联培导师，推荐其到新加坡一所大学进行科研实习，“我当时没啥事了，就等着回去答辩，而且已经发表了毕业答辩所需的两篇SCI论文。”他将出国的事告诉了曹教授，“导师非常生气，让我办理休学手续。”杨涛非常疑惑：“我也不知道为什么，在吉林大学联培时不用办休学，为何去新加坡就得办。”杨涛认为，自己的情况不在休学规定中。所以，他直接去了新加坡。那时，杨涛的父亲杨光也不想让儿子办休学，但是经过几次协商，有领导还是建议办休学。杨光只好领了一张空白的《南开大学研究生休学审批表》，但当时杨涛已经去了新加坡，本人无法签字。于是，杨光带着表格返回长春。他从别的材料上，找到儿子一个签名，然后用剪刀将名字部分剪下贴到申请表上，最后将这个签有“杨涛”名字的申请表，反复复印了多次，直到看不出剪贴痕迹。2017年10月16日，杨光把该申请表扫描件通过邮箱发送出去，他申请的休学时间为2017年10月2日至2018年2月25日，总时长4个多月。杨涛父亲递交的申请，以及学校批复的休学。受访者供图
10月31日，孔副院长在申请表签下“同意”二字；11月6日南开大学研究生院一熊姓主管领导也签字：“同意休学半年”。所以，杨涛的官方休学时间为2017年10月2日至2018年4月2日，总时长为6个月。
但该申请表中，关于“校医院主管”为空白，也就是说，杨涛的休学审批，并未走完所有程序。
2018年3月，杨涛从新加坡回到国内，他要赶在4月2日休学结束后申请复课。因为学校规定“休学期满后15日内应向学校提出复学申请。逾期未办者，除因不可抗力等正当事由外，视为自动退学。”
2018年4月2日，杨涛向院领导询问复学一事。孔副院长让他先找导师签字。
“导师说什么也不给签。”杨涛称，他以下跪相求后仍没成功，“他让我从网上申请，将申请表交到物理学院办公室刘某邮箱中，我只好回去准备。”
依据《南开大学研究生学则》，杨涛应在2018年4月3日至4月17日间申请复学。邮件证据显示，他并未超期，但有相关人士拒绝签字。
5月13日，杨涛用邮件问孔副院长：“麻烦您帮一下忙，让我尽快复学，否则我达不到修业年限，下学期也赶不上答辩了。”
5月14日，孔副院长邮件回复说：“正如我在微信中所讲，我们为你的复学做了大量的工作，目前已经征得研究院同意，本学期复学，下学期安排答辩，这件事你可以放心了。”
这让杨涛几乎崩溃，情绪也变得不稳定。7月10日，他给孔副院长发邮件说：“我已经恳求过曹老师很多次了，我这几天复学，得到助研津贴和博士论文奖励，会听您的安分守己，绝不节外生枝。不然一个复学不了比清洁工都穷的人，什么都干得出来。”7月12日，杨涛给孔副院长等人发邮件：“我已经失眠几个月了，我用刀划过自己好几回。”令杨涛没想到的是，在提出复学9个多月后，他不仅未等到复学，反而等到了退学，“我也不知道中间发生了什么。”2月27日，“泰达应用物理研究院”给杨涛发去电子邮件：“请尽快到校办理退学离校手续、领取退学决定书。”一开始，杨涛没注意到这封邮件，直到19天后的3月17日才看到。当天，他回复说：“少在这不要脸，我去年4月份就办完复学手续了。”杨涛还在邮件里表达了自己的不满。“我不可能申请退学，那只能是导师瞒着我干的。”杨涛说。其实，南开大学还有个规定：“学校对退学研究生出具退学决定书并送交本人。”但该校让杨涛自己去领，而他拒绝了。日前，记者从天津高院人士口中得知，该院几乎未审理过类似案子，他们甚至还不清楚应由法院审理，还是找教育主管部门申诉。记者多次联系校方，但涉及此事的南开大学人士，均未接受记者采访。孔副院长则给了记者两个电话号码，让记者直接联系校宣传部。记者拨打这两个电话号码，均无人接听。眼下，杨涛大多数时间待在吉林省，性格内向的他，除了帮别人做些编程的活儿外，大多在酒店打零工，头发几乎掉完了。“现在很尴尬，我虽然有本科学历，但我32岁了，谁会愿意要一个非应届的物理专业大龄毕业生呢？”杨涛说。然而，对于此事，知乎上则几乎是一边倒批驳上文中的杨涛，此事似乎陷入了罗生门。
针对此事，知乎上有自称是文中杨涛师兄兰晓龙的回应（均为化名），主要内容如下：
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杨涛曾向兰晓龙的qq邮箱里发了1600封攻击亲人的邮件
因为自从今年5月16日杨某（文中杨涛的原型，南开大学2015级博士，退学）向我的qq邮箱里发了1600封攻击我亲人的邮件，我就决定聘请律师，和他对峙法庭。近日甚至威胁要上门攻击我的亲人，我就决定要彻彻底底的公开，虽然再三建议记者多做调查，请求记者深入了解内情，但今天杨某在邮件里炫耀找了媒体，我就预料到了文章会很快的发出来，正好督促我来写这篇回复。
收件箱504页
垃圾箱1096封
辱及家人
日常轰炸
生硬再次身份证号证明他是我
早期诈骗这位师弟求计算的师弟中招了
你确实没时间算，你都是直接骗，二维码扫出来还是你爸的（一）互殴经过。时间在2016年的9月10日中午12点左右，地点发生在泰达应用物理学院4楼。实验室集资给老师买了一份教师节礼物，准备在下午上班前放在老师办公室。办公室有三把钥匙，一把在老师那，一把公用，一把备份。颜某（杨某同级硕士、兰某的师妹）用钥匙打不开门，于是请兰某找杨某借用一下备份钥匙，兰姓师兄拍着胸口答应了。杨姓师弟趴在桌子上准备睡觉，兰某说明要用办公室钥匙，杨某抬头后摸出钥匙，追问使用目的，得到回答是给老师放礼物后面露不愉。
上门两个流程循环10分钟后，杨某觉得不能借钥匙，只能他拿着去开门。兰某？？？于是第一反应隔着袖子拉住杨某的手“我当你是师弟，你也要当我是师兄啊”。兰懵怒，开始用力把杨往回拽。杨大怒，扯兰脖领，掐兰脖子。兰懵大怒，怒击杨某致其松手。杨勃然大怒，冲回办公室抽出木棍（后面会有这根棍子）。兰懵勃然大怒，跟回办公室防御夺下木棍。杨怒上加怒，抄起铁椅子砸兰数下，兰以木棍格挡反击。此后动静太大，惊起周围同学劝架，椅子和木棍都被夺走，兰被两员大汉左右架住（其中一名王某，兰某同学，另一名不记得了，当时脑壳发热），黄某从前抱住（兰某、杨某师妹，非常勇敢）隔开两人。双方邮件：董就是杨某，姓兰的就是本人，双方的争论的焦点是杨某坚持用手打人才叫打人，而骂人可以不算攻击人，掐人不算先动手，而兰某反对杨某和颜某有矛盾，之前颜某实验反应器被砸碎，认为是杨某所为，又因为集资买礼物让杨某出钱，惹了杨某，有些害怕。杨某是老师的重点培育对象，想让杨某来接于某（实验室博后、大师兄、文中龙某原型）的班搞计算，故杨某以随时要使用办公室的计算电脑为由拿走备用钥匙，老师甚至还给了一篇数据齐全的文章（之前毕业博士论文一部分,没有发文章）给杨，让杨整理发表在SCI上，使杨某在研究生奖学金评选中凤毛麟角（太早了，同届其他人很少有一作文章），获得15000奖学金，以让他迅速成长。因为兰某自我感觉良好，认为和杨某关系不差，有责任处理相关事情。之前因杨某在墙上写大字“钟某某是狗”（钟某系杨某研一舍友，杨某曾和舍友冲突打架），宿舍楼下夜间大汉“钟某某强奸犯”，在黑板上写“王某某是狗”（杨某同届学生，和兰某本科一届）被对方查视频发现，破坏潘老师实验室细胞培养皿，踹掉厕所隔间的门使其变成开放式厕所等行为，劝过杨某好好搞科研、换个发泄方式，例如去小树林里踹树，甚至批评过杨某实验习惯不好，用了水不关、摔碎仪器踢到桌下不打扫等。也劝阻了部分人对杨某痛击的打算，在国际会议召开前擦掉了二楼电梯口墙上的“某某某是狗”大字，避免事态扩大，自认为帮了杨。下午曹老师知晓情况后和学院邢老师（文中晓某原型，是的兰晓龙是三个人各取一字的缩写）对两人进行了单独谈话。对兰某提出的要求是和杨某和解，期间兰某赌气要求报警，被驳回。当天晚上兰某找到杨某：“你觉得你科研好，你走你的阳关道，我科研不行，我走我的独木桥，以后两不相干!”事后二人都写了承诺给学院，兰某最后追加了一句保留追责的权利。事后几个月，风平浪静（和后面比起来，真的是很平静了），兰某把东西从4楼搬到了3楼的实验室，尽量不再和杨某接触，期间401的房门偶尔会多上几个脚印，404的房间会传来杨某叫声“于某某CNM，兰某某CNM”，兰某敲门要其开门后，叫声停止。后续：2018年2月，杨某在ask上发问，耳朵上部受伤，突出兰某是延期和先动手；2019年12月份，杨某在知乎发帖，悬赏20万通缉我，出现头部骨裂模型，位置由耳朵上部变成了脑袋中间；2021的5月16日，杨某进一步丰富了细节，在微博发帖攻击兰某。两个图对比后可以发现，19年的受害者颅骨中部受伤，且可以开合（神奇），2021年受害者为左前面部颅骨骨折，所以有以下结论，一是受害者是个奇人，骨骼缺口可以转移，二是19年受害者是个奇人，兰某无恶不作，伤害了两个人，三是杨某盗图不加水印。（此处只分析19和21年，因为加上18年出现耳朵长在眉心的奇观）
2017年1月份的一个早上，颜某、丁某、李某（丁某、李某为实验室师弟）找到兰某，给兰某看了几段视频（行车记录仪拍摄，因颜某管理实验室报账，发票被盗窃，故在拼多多购买记录仪），视频中杨某踢坏兰某开水壶、打开兰某电脑（兰某心大，一直没设置密码）、拿兰某抽屉里的零钱、最后用兰某抽屉里的水果刀怒划抽屉里的东西（期间于某的自行车坐垫也被划碎）,介于动刀的神情过于凶恶和其研一是和舍友打架出动过刀类武器，大家建议兰某报警。已经被赶去3楼很久了，桌子已经长酸奶瓶子了，杨某开始翻东西，时间请看左侧12:19:05认真的翻我记得是10块零钱老师：“你说他有病，他就有病？你们装摄像头也不对！”还是决定要给杨机会，并安慰兰某会让杨某道歉。晚上，杨某找到兰某“我小时候打篮球被人打过，所为才变成这样，我奶奶90多岁了，我给你道歉，你放过我”。兰某：“你说的话我都不信，我还是那句话，两不相干，你耗汁尾汁”。事后不久，杨某被送去了吉林大学联合培养（后来才知道杨某舅舅在吉林大学，恍然大悟），此时杨某基本两篇文章在手，又是去联合培养，前途一片大好，只等回来毕业答辩。而我继续走我的科研独木桥，努力发文章，寻求毕业的方向。